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真菌在人体肠道微生物中的占比仅为约0.1%，但在免疫调节和人体代谢方面起着重要作用。

加拿大不列颠哥伦比亚大学等机构的研究人员检验了1409名婴儿的粪便样本，利用基因测序手段分析各种真菌的丰度变化，发现肠道真菌群落存在明显的发展规律。从出生到18月龄，婴儿肠道内马拉色菌的相对丰度平均下降48倍，酵母菌科真菌的丰度则上升14倍，这两类真菌是婴儿肠道成熟的可靠标志。如果婴儿1岁时肠道真菌成熟相对滞后，则5岁时患特应性皮炎和食物过敏的几率明显增加。

在另一项研究中，加拿大卡尔加里大学等机构的研究人员发现，接受抗生素治疗的婴儿肠道中的真菌群落结构会发生改变，其中马拉色菌明显扩增。给无菌小鼠的肠道内植入马拉色菌，会诱发与特应性皮炎相关的免疫反应。这些小鼠接触过敏原之后，肠道和气道免疫细胞的过敏性炎症加剧。

研究人员指出，抗生素治疗使婴儿肠道马拉色菌扩增是一项被忽视的副作用。新发现可能为预防和缓解儿童哮喘及相关疾病提供新策略。